Na de Onze-Lieve-Vrouwekerk en de thans verdwenen Sint-Niklaaskerk was de Sint-Janskerk de derde parochiekerk van de stad, waarschijnlijk gesticht voor de leerlooiers, die dit stadskwartier betrokken. De kerk vindt haar oorsprong in een kapel die reeds in 1390 bestond. In 1606 is de kerk, die deze kapel verving, bouwvallig geworden; de toren stort in. In 1615 wordt de kerk hersteld en de toren wederopgebouwd (jaartal op de toren). In het midden van de 18de eeuw is het schip opnieuw vervallen; het wordt in 1752 afgebroken. Bouw van een nieuw schip, dat in 1770 wordt ingewijd. In 1797 wordt de kerk gesloten, vervolgens een tijd lang gebruikt als vergaderplaats voor de gemeenteraad. In 1836 als parochiekerk in gebruik genomen. Bouw van het portaal voor de toren in 1855. In 1888 worden koor, transept en zijbeuken vervangen door de huidige, naar ontwerp van M. Christiaens.
